Bazilika je sačuvana do visine krovišta i jedini je sačuvani sakralni objekt toga tipa ne samo na otoku Krku, nego i u cijelome Hrvatskom primorju.
S tom crkvom na ruševinama rimskoga grada Fulfinuma počeo je nicati novi kršćanski grad, no, njegove tajne stručnjaci tek trebaju otkriti. Lokalna tradicija crkvu povezuje s glagoljaškom benediktinskom opatijom Sv. Nikole, napuštenom u 15. stoljeću i preseljenom bliže Omišlju.
Radi se zaista o impozantnoj jednobrodnoj crkvenoj građevini. U izvornoj fazi gradnje posjedovala je u pročelju predvorje – narteks ili vestibul, trijem na južnoj strani, te dvije manje pobočne prostorije – preteče sakristiji – spojene sa ziđem svetišta. Samo svetište jednostavnog je oblika: začelje je ravno, a u njega je upisana slobodnostojeća klupa za svećenstvo. Pred klupom stoji dio svetišta zatvoren oltarnom pregradom, koji u svom središtu čuva oltarni grob u obliku križa. U prostoru predvorja, ukopan u živu stijenu i zaliven podnicom od žbuke, pronađen je sarkofag. Uz sarkofag naknadno je smješten i privilegiran grob s dva pokojnika, datiran u razdoblje između 7. i 8. stoljeća.
Vjerojatno je u isto vrijeme južnom trijemu nadozidan i atrij, koji u svojim krakovima također posjeduje nekoliko privilegiranih grobnica. Ova će se zajednica razviti kroz stoljeća koja slijede u dobro organiziranu redovničku zajednicu koja će preuzeti učenje svetog Benedikta, kako govore kasniji izvori koji spominju opatiju Svetog Nikole podno Omišlja. Unutar ovog samostanskog kompleksa, uz crkvu koja doživljava preinake prostora i iznutra, nalaze se sa istočne strane manji objekti, memorijalnog, pa zatim i gospodarskog karaktera.
